O przekształceniu aresztu w muzeum zdecydował Minister Sprawiedliwości Zbigniew Ziobro. Więzienie zostało wybudowane przez władze rosyjskie w latach 1902-1904 według projektu m.in. Henryka Juliana Gaya.
Jak mówi przewodniczący Sądu Konkursowego Andrzej Bulanda, temat był bardzo trudny, zarówno w kontekście symbolicznym, miejsca, jak i szczególnych uwarunkowań, jakie towarzyszyły tej pracy. Był nietypowy ideowo i nietypowy architektonicznie.
Do konkursu na muzeum zgłoszono 20 projektów. Wygrała pracownia M.O.C. Architekci z Katowic. Jej autorzy zaproponowali przebicie więzienia, niczym osikowymi kołkami, czterema widocznymi z oddali wieżami - świetlikami z białego marmuru, które określili jako „strażnice pamięci”. Mają one symbolizować cztery grupy osadzonych przy Rakowieckiej: żołnierzy wyklętych”, więźniów czasów stalinowskich, gomułkowskich i lat 80.
Każda ze "strażnic" ma mieć po 24 m wysokości oraz własną nazwę - „Bóg”, „Honor”, „Ojczyzna” i „Wolność”. Jak napisali w projekcie twórcy koncepcji - ma to być "czytelny znak pamięci niewzruszonej, czystej i triumfującej na przekór potwornej przeszłości".
Koncepcja przewiduje również historycznym budynkom usuniętych w latach 60. wysokich dachów. Pod ziemią z kolei mają się znaleźć sale: audiowizualna, kinowa, szatnie i bistro.
Sąd Konkursowy docenił "twórczą koncepcję uporządkowania istniejącego założenia aresztu śledczego z zachowaniem i wyeksponowaniem obiektów historycznych". Zwrócono także uwagę na "czytelność funkcjonalną muzeum" oraz na wprowadzenie nowych elementów rzeźbiarskich, wzbogacających przestrzeń muzeum".
Obecny podczas prezentacji projektu Patryk Jaki podkreślił, że stworzenie muzeum to wielkie zobowiązanie ojczyzny wobec osób, które oddały życie za nią życie. Jak dodał, muzeum ma być symbolicznym zwycięstwem ludzi, którzy nie zgadzali się na to, co wydarzyło się po II wojnie światowej.
Z kolei szef nowej placówki Jacek Pawłowicz przekonywał, że całe grono ludzi pracuje nad tym, żeby areszt, który nazwał "krwawą czerwoną plamą", wyrwać z tkanki miasta i stworzyć tu pomnik biało-czerwony.
Architekt Czesław Bielecki dodał, że to już nie będzie ponury areszt, lecz muzeum, które powinno kreować wątki humanistyczne.
W skład Sądu Konkursowego weszli m.in. Czesław Bielecki, Patryk Jaki, Arkadiusz Karbowiak, Jacek Pawłowicz, Sławomir Cenckiewicz i Krzysztof Szwagrzyk.